藏象学说的形成，首先来源于古代解剖学的认识，而古代解剖学，就是为实性的脏器类似与西医里边的解剖所知，在这个形态上，打下个基础，就是肉眼能够看到的。另外一个是对长期生活实践的观察，因为受古代科学技术条件限制，单凭这个肉眼直接观察粗糙的解剖所获得的知识，是难以对人体复杂深奥生理病理做出明确系统的解释。所以古人就基于“有诸内必形之于外”的原理，采取了视其外因以知其内脏。也就是以表知里、知外揣内的这一种方法，以及取象比类，各种思维方法的认识进行推测脏腑机能。所以在这个推的过程当中，就赋予了这一个实质性脏器的另外的一些功能，也就是说长期生活实践观察赋予了这个脏腑，在这一个生理病理现象里边的这些作用。从而与西医的脏腑，最大的区别就从这里开始。已经知道肺主呼吸基础之上，发现人体体表受寒以后，会有鼻塞、喷嚏、咳嗽。从而推算出肺主皮毛，在窍为鼻。已知脾主运化的基础上，发现几天不吃东西就四肢乏力、消瘦，所以就推出脾主四肢肌肉。这都是推出来的。而推出来的，又把它归到了所在的脏腑的生理系统里边，所以藏象学说就这样形成了。古代解剖的粗浅的认识和长期生活实践的观察，古代哲学思想的渗透，精气、阴阳学说、五行学说，这些渗透到中医学说；精气、阴阳和五行学说前面都已经讲过，对藏象学说的形成起到了很关键的作用。另外还有一个最主要的方面，医疗实践的经验积累，医疗实践和经验积累更加确定了藏象学说的司外揣内；古人的长期临床实践过程中积累了丰富经验，最终感性认识上升到理性认识。所以中医是一个从感性到理性，理性、感性都有的这样一个医学。所以医疗实践当中，临床疗效的反馈进一步探索和反证了脏腑的生理病理。
有时候是通过结果来推作用，就跟这个中药学一样。比方这个炒山楂、炒神曲、炒麦芽，人吃了饭量变大。就认为炒山楂、炒神曲、炒麦芽能够健脾胃，是反推过来的。在这个藏象学说当中一样的，比方吃动物的肝脏可以治夜盲，通过多次重复的经验，于是乎就产生了以脏补脏的观念，同时佐证了肝开窍于目的这个理论。而有一些的理论，通过实践的检验，或被淘汰或被予以修正。比如根据五行相生规律，火生土；本来是心火能温煦脾土，但是自从明代的命门学说兴起以后，临床当中发现命门之火对于脾土的温煦作用更加显著。所以益火补土这种方法逐渐演变成了温肾阳以暖脾土。它对益火补脾法这样一个修正，对后世的影响特别大。但是并不是说《黄帝内经》上说的是错的。因为《黄帝内经》上还说：肾为胃之关。把脾胃比作一口锅，肾火就是锅底下的柴火，也就是说这个锅里的食物要腐熟，必须得通过下面这些柴火的这个温煦作用。这个柴火由于在锅的下面，脾胃的下面有肾，所以把肾比作一口锅下面的柴火，肾火旺，这个柴火就旺，如果肾阳虚而无火，锅里腐熟的就会变慢。脾胃就是这口锅，吃的食物就是锅里的这个东西，这个燃烧的柴火就是肾阳。很多这个老年性顽固性的胃病，为什么无法根治，就是由于釜底没有薪火！所以釜底要加薪，这个釜底加薪的方法其实就是温肾阳的方法，温肾阳其实就是在锅底加劈柴这个过程。如果脾阳虚久了就会导致肾阳虚，肾阳虚久了，也会导致脾阳虚，脾肾阳虚常在一起。其理论就是来源于《黄帝内经》的肾为胃之关。张景岳用这个命门学说，益火补土法这个火是肾阳而不是指心火。而《黄帝内经》的肾为胃之关也弥补了益火补土的这个解释。那总结一下：藏象学说是古代医家在长期生活医疗实践当中以解剖学为基础运用司外揣内，取象比类等整体观察方法，通过对内在脏腑反映于外的各种征象的观察，经过概括、抽象、推理而逐步归纳出的医学理论。